Первая причина может быть техническая: счётчик в Яндекс. Метрике может слишком медленно загружаться. Например, пользователь уйдет с сайта до того, как загрузился ваш счётчик.
Вторая причина может быть в блокировщиках рекламы, таких как Adblock.
Третья причина может быть в том, что счетчик не установлен на всех страницах вашего сайта. Также стоит проверить, правильно ли введен номер счетчика в рекламных кампаниях.